神山飛羽真＝仮面ライダーセイバーをはじめとする剣士たちが、その命を懸けて世界を救ってから、８年の月日が流れた。飛羽真は、親友・間宮や担当編集者・須藤芽依の手も借りながら、かつて剣士たちの戦いに巻き込まれて親を亡くした少年・陸とともに暮らしていた。彼は陸の父親代わりになろうとしていたのだが、陸の心の傷は癒えず、11歳になったいまも、笑顔を見せることはなかった。一方、翻訳家となった富加宮賢人は、立花結菜という女性との結婚を控え、充実した日々を送っていた。
だが、そのころ、剣士たちをめぐって、奇妙な出来事が起こり始める。聖剣の持ち主たちがひとり、またひとりと消えてしまったのだ。事件の謎を究明すべく行動を開始した新堂倫太郎の前に突如として現れた、仮面ライダーファルシオン　アメイジングセイレーン。変身を解いた篠崎真二郎は、自分こそが倫太郎の父だと名乗った。動揺する倫太郎。さらに賢人もファルシオンに遭遇し、学校から帰ってこない陸を探していた飛羽真までもが、ファルシオンに襲われる。
アメイジングセイレーンワンダーライドブックに秘められた、恐るべき力とは？
時を経て、飛羽真たちを待ち受けていたのは、最大にして最後の苦難だった……！